Este jurista es miembro académico del Anti-Corruption Academic Initiative y GRACE de la Oficina de Naciones Unidas contra la Droga y el Delito (UNODC), ha sido nombrado academic visitor del College of Law de la Universidad de Oxford (situada en los 3 primeros puestos de los rankings de mejores universidades del mundo y el en primer puesto del 2023 Times Higher Education World Ranking) en los años 2019 y 2023 y research associate del College of Law de la Florida International University (la 4ª mejor universidad pública americana conforme el ranking del Wall Street Journal) donde ha realizado estancias de investigación en el marco de proyectos financiados por el Programa I+D+i orientado del Ministerio de Ciencia e Innovación. Es abogado experto en Compliance, consultor y miembro de diversos posgrados de referencia internacional, entre otros, es Codirector y miembro del Comité Académico de las Jornadas Internacionales sobre Compliance y Responsabilidad Penal de las Personas Jurídicas (formación impartida por una la Universidad de Valladolid en colaboración con la Florida International University, Miami); codirector y profesor del posgrado internacional sobre Responsabilidad Penal de la Persona Jurídica, Forensic y Sistemas de compliance en Marcos Internaciones, Uva; profesor de Compliance y Responsabilidad Penal de Personas Jurídicas en el posgrado de Compliance Officer de la Universidad de Deusto, ponente el Diploma de Alta Especialización en Derecho Penal Económico de la Universidad Complutense y en diversos foros internacionales focalizados en integridad, cumplimiento, prevención del fraude interno, delincuencia corporativa y responsabilidad penal de directivos.
En su investigación, desgrana los graves problemas prácticos que la normativa y jurisprudencia española pueden generar a la hora de abordar determinadas cuestiones jurídico-penales complejas en contextos corporativos. Además de los conflictos que pueden emanar en relación al principio de legalidad, analiza como las tesis utilizadas en este momento para esclarecer la atribución de responsabilidad penal de las personas jurídicas carecen de una metodología sólida para resolver varias cuestiones que se plantean en la realidad corporativa. El producto de esta investigación desarrollada en el marco de un proyecto de Investigación coordinado por el Consejo Superior de Investigaciones Científicas se va a publicar en EUCRIM European Law Forum: Prevention, Investigation, Prosecution, un espacio especializado fruto de la colaboración entre el prestigioso Max Planck Institute y la Oficina Europea de Lucha contra el Fraude (OLAF). Entre otros puntos, Aguilera analiza la jurisprudencia sobre la determinación de la inimputabilidad de determinadas personas jurídicas, y la metodología para el esclarecimiento de la procedencia o improcedencia de la punición penal de las personas jurídicas resultantes y derivadas de operaciones de fusión y adquisición, aspectos que afectan a la necesaria seguridad jurídica que debe existir en el contexto empresarial.
Asimismo, ha culminado una serie de reports dedicados a analizar la responsabilidad penal de miembros de órganos de administración, directivos, auditores, abogados y responsables de cumplimiento en el seno de las fundaciones, asociaciones y entidades mercantiles. En estos informes de libre acceso se realiza un análisis extenso y pormenorizado de distintos aspectos clave como: el risk shifting, el mecanismo de delegación, la extensión de la auditoría y el doble dolo, el criterio de imputación top down, las diversas estructuras en órganos de compliance, la omisión impropia en las organizaciones, las evidencias digitales, así como las implicaciones jurídico-penales de la nueva Ley Protección al Informante y el “Sistema Interno de Información” (de obligada adopción y cumplimiento desde junio para toda organización de más de 249 empleados bajo apercibimiento de graves sanciones que pueden alcanzar el millón de euros, obligación que en diciembre alcanzará a toda organización con más de 49 empleados en virtud del art. 10 y Disposición transitoria 2ª de dicha Ley).
Rafael Aguilera es considerado un experto en RPPJ y Compliance, ámbito donde compagina la actividad de investigación con labores de formación especializada y asesoramiento jurídico, atesorando una amplia experiencia profesional. En este sentido, viene impartiendo conferencias y sesiones específicamente dirigidas a compliance officers, miembros del órgano de cumplimiento de instituciones y empresas multinacionales, asesores legales de empresas, abogados y directivos. Así, ha intervenido como experto en Compliance y Penal Corporativo en foros tan prestigiosos como la Cumbre de Alto Nivel sobre Educación y Estado de Derecho de Naciones Unidas –siendo participante de la sesión «Crime Prevention and Criminal Justice»– o el XIV Congreso Internacional de Naciones Unidas sobre Prevención del Crimen y Justicia Penal (el más importante de este campo a escala mundial). Ha sido delegado del CSLS de la Universidad de Oxford en el Congreso de la Internacional Network for Delivery Regulation (INDR) sobre compliance y ponente en el research cluster regulation & governance de esta prestigiosa institución. Este investigador es miembro del Grupo de Investigación DECOMESI: Grupo de Investigación "Derecho Común Europeo y Estudios Internacionales" (UJA) y, entre otros títulos, posee el Máster en Derecho Penal de la Universidad de Sevilla e Instituto Interuniversitario de Criminología, el Máster de Derecho Público de la Universidad de Córdoba, el diploma de Especialización para Abogados de la Escuela de Práctica Jurídica del Colegio de Abogados de Córdoba y el certificado de aptitud profesional para el ejercicio de la abogacía (CAP) del Consejo General de la Abogacía Española.
Es Socio de la American Law and Economics Association (ALEA); certified Compliance Officer (IFCA), perito judicial experto en Compliance y ha sido evaluador en varias revistas especializadas situadas en los puestos más elevados de impacto y solvencia científica como RDUNED y la Revista Electrónica de Ciencia Penal y Criminología. El doctor Aguilera es autor de diversos artículos publicados en las revistas más reputadas y autor de diversos libros entre el que puede destacarse el «Manual de Compliance Penal en España», sobre la que ya está en marcha la actualización de una la 3ª edición y que cuenta con los prólogos del presidente de la Sala de lo Penal del Tribunal Supremo, Manuel Marchena Gómez, del Magistrado de la misma sala y exfiscal General del Estado, Julián Sánchez Melgar y el Catedrático de Derecho Penal de la UCO, Manuel Palma Herrera. Asimismo, esta nueva edición del Manuel contará con epílogo del magistrado de la Sala de Lo Penal del Tribunal Supremo Vicente Magro Servet y las reseñas de los siguientes expertos: Alejandro Luzón Cánovas (Fiscal Jefe Anticorrupción); José Luis de la Cuesta (catedrático de Derecho Penal, UPV/EHU) y director del Instituto Vasco de Criminología); Bernardo del Rosal (catedrático de Derecho Penal, UA); Manuel Gómez Tomillo (catedrático de Derecho Penal, UVa y letrado del Tribunal Constitucional); Jordi Gimeno (profesor titular de Derecho Procesal, UNED); Juan Luis Fuentes (profesor Titular de Derecho Penal, UJA) o Javier Fernández Teruelo (catedrático de Derecho Penal de la Universidad de Oviedo), entre otros.